L’hybridation du loup en Europe et en France ! Un faux problème pour l’élevage ! Un faux problème pour le loup !

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Un faux problème pour l’élevage ! Un faux problème pour le loup !


Les définitions à retenir avant de lire ce dossier :

Hybridation :

Croisement entre deux variétés, deux « races » ou sous-espèces d’une même espèce ou entre deux espèces différentes.

Introgression :

En génétique, le mot « introgression » , désigne le transfert, naturel ou contrôlé de gènes d’une espèce vers le « pool » génétique d’une autre espèce, génétiquement assez proche.

SNP (Single Nucleotide Polymorphism) :

Le Polymorphisme nucléotidique unique constitue la forme la plus abondante des variations génétiques dans le génome. Ces variations représentent plus de 90% de toutes les différences possibles entre les individus ciblés. Dans deux génomes humains, par exemple, tirés strictement au hasard, 99,9% de la séquence d’ADN sont complètement identiques. Le reste constitue le SNP.

Back-crosses : 

En biologie génétique, c’est l’action consistant à croiser un élément hybride avec un de ses parents, afin d’obtenir un résultat génétique proche de celui du parent. Ce procédé est utilisé fréquemment en horticulture par exemple.

Rétrocroisement :

Un rétrocroisement, aussi appelé « croisement en retour », est le croisement d’un hybride avec l’un de ses parents (donc back-crosses) ou avec un individu similaire sur le plan génétique à l’un de ses parents, de manière à obtenir un descendant ayant une identité génétique plus proche de celle du parent.

Putatif :

Qui est présumé « être » (ou exister), à tort ou à raison. C’est une convention qui sur le cas du loup en Europe, est utilisée pour cibler d’éventuel hybrides de générations anciennes, sans qu’il ne soit possible de déterminer les lieux et sous-espèces qui ont participées ou non à une ou d’éventuelles hybridations potentielles !

Bootstrap :

Pour compléter la construction de l’arbre phylogénétique (arbre schématique qui montre les relations de parentés entre des groupes d’êtres vivants) avec les méthodes énoncées ci-dessus, une analyse de la robustesse des données (probabilités) doit être effectuée, c’est le « bootstrap . Cette technique est un dérivé des simulations de Monte-Carlo (approche statistique de traitement des données issues des techniques financières), qui consiste à échantillonner les positions de l’alignement ( dans les branches de l’arbre) pour relancer la construction phylogénétique de façon itérative (donc répétitive) puis de comparer les résultats obtenus après plusieurs répétitions (nombre de répétitions supérieur à 1000 généralement). Le résultat est représenté sous la forme d’un arbre dans lequel figurent les regroupements majoritairement apparus. Une valeur de « bootstrap » (pourcentage de 0 à 100%) est associée à chaque branche de l’arbre indiquant le nombre de fois où cette branche a été retrouvée au fil des répétitions et juger ainsi de leur crédibilité. La valeur de « bootstrap » donne une évaluation précise de la résistance des données aux différents biais statistiques possibles. Une valeur forte conforte les données, une valeur faible conforte l’existence de biais dans l’analyse.

Locus :

C’est la localisation précise d’un gène sur un chromosome.

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L’étude de l’hybridation, entre une espèce domestiquée, le chien et son ancêtre sauvage, le loup, serait en rapport avec la conservation de l’espèce sauvage, en particulier si elle entraîne l’introgression (le transfert donc) de variantes de gènes domestiques en espèces sauvages. Peu connue, la fréquence des événements d’hybridation, leurs causes et l’impact génétique sur les populations de loups ne permettent pas d’établir des stratégies de conservation à long terme.

Expliquer qu’il faut détruire systématiquement les hybrides de loup-chiens comme le prévoit la recommandation 173 européenne est donc une hérésie scientifique en 2018. En effet, les phénomènes de rétrocroisements, en France, ne sont pas étudiés et sont par nature, compte tenu des connaissances scientifiques à ce jour, très difficiles, voire impossibles à déterminer. D’autres parts, toutes pressions de chasse sur des individus intégrés aux meutes existantes suggèrent invariablement que le phénomène pourrait être amplifié, alors que l’anthropisation des milieux naturels investis par le loup est certainement le premier facteur déterminant de reproductions entre chiens et loups, en particulier.

Une étude publiée en 2017 (voir le lien en bas de dossier) a eu pour objet l’analyse de 61 000 SNP (variations génétiques dans le génome, SNP : 90% de toutes les différences entre les individus) couvrant le génome du loup à travers l’Eurasie et l’Amérique du Nord qui ont été comparées à des données semblables de chiens pour identifier des signatures génétiques fiables.

Les preuves d’un biais masculin d’introgression (transfert) des allèles (chacune des versions possibles d’un même gène ) de chien dans les populations de loups existent, elles ont permis d’identifier une première génération d’hybrides résultant de l’accouplement entre un chien femelle et un loup mâle. Dans des proportions d’effectifs, toutefois, assez faibles qui peuvent-être qualifiées « d’état naturel ».
Les faits prouvent que l’hybridation a eu lieu dans différentes parties de l’Eurasie à plusieurs échelles de temps et que ce phénomène n’est pas obligatoirement récent. Pourtant cette étude atteste que les populations de loups ont su maintenir une différenciation génétique forte, de celles des chiens, suggérant que l’hybridation à basse fréquence ne diminue pas les caractères distinctifs des groupes génétiques de loups. D’où l’intérêt de pouvoir confirmer ces données, ultérieurement, par une étude importante et à grande échelle en France, sur les rétrocroisements entre hybrides loup-chiens et des sujet loups non hybridés de chiens. Le sujet loup croisé de loup restant bien entendu un loup. Ce postulat est bien sûr totalement évident. La variabilité des milieux étant par ailleurs totalement en rapport avec la variabilité génétique des espèces. C’est même un impératif à l’adaptation du loup, tout comme pour de nombreux autres êtres du vivant.

Premier postulat : le tir du loup hybridé de chien est inutile. Une étude réalisée en Russie, en 2017, sur les chiens ensauvagés à Moscou, explique que sans présence humaine, le chien errant ou féral ne possède pas toutes les capacités à la survie, à court et moyen terme, en milieu naturel.

Dans un groupe de loups qui connaîtrait un événement d’hybridation, il est probable que les loups hybridés de chiens seraient moins enclin à disperser, sauf pression de chasse forte sur le groupe en question.


Exemple schématique :



Deuxième postulat : les sujets hybridés loup-chiens doivent être repérés et suivis afin d'éviter les tirs contre-productifs ! 
Les sujets qui engagent un rétrocroisement devraient être suivis également. La pose de collier gps sur les individus détectés est 
donc une prérogative indispensable à l'étude et aux suivis des individus avant tous tirs de destruction.

Les sujets  hybridés loup-chiens qui engagent une reproduction avec un sujet loup-chiens doivent être étudiés, puis
éventuellement éliminés ? 

A noter, les sujets noirs détectés en Europe ne sont pas des éléments hybridés de chien. 
Le mélanisme ne peut être rapporté en Europe au croisement entre chien et loup ! 
C'est une certitude révélée par l'étude dont  nous récapitulons les données ci dessous.


Qu'est-ce qu'un hybride et quelles sont les conséquences 
sur la viabilité des populations de loups ?

L'hybridation des espèces sauvages serait une importante menace, par exemple

concernant le chat sauvage européen (Felis silvestris silvestris) pour lequel personne ne demande

le tir de destruction du chat haret !

La croissance rapide de la population humaine et la modification des habitats pourraient entraîner une augmentation du phénomène et le déclin des espèces sauvages. L’anthropisation des milieux naturels implique l’introgression de variantes génétiques artificielles (domestiques donc)

vers les populations sauvages proches génétiquement. Ces introgressions ou transfert de variantes génétiques, bien qu’elle soient considérées comme inadaptées sont toutefois connues pour être indispensables à l’adaptation des espèces aux milieux naturels, qui s’exposent à des changements, comme par exemple le changement climatique.

La pratique de l’introgression est utilisée en élevage ovin entre des races dites rustiques et des races dites modernes. Elle existe également chez le bouquetin des alpes (Capra ibex ibex).

La compréhension des processus d’hybridation et de ses conséquences est encore relativement limitée. Les connaissances théoriques actuelles ne permettent pas de cerner exactement le rôle

de l’hybridation dans la spéciation et l’adaptation des espèces.

Le chien aurait divergé du loup, il y a environ 35 000 ans. Les contextes et la fréquence des interactions entre chiens et loups en milieu naturel n’est pas étudiée en France. Les mécanismes écologiques sous-jacents, voire totalement invisibles à ce jour sont presque totalement méconnus !

En exemple, il n’est pas possible de savoir exactement aujourd’hui si l’hybridation existe depuis que les deux sous-espèces chien et loup se sont séparées ou si le phénomène est récent et en rapport avec la baisse des population de canidés sauvages, corrélativement avec l’augmentation des population de chiens.

Les études connues, actuellement, n’englobent pas les variations géographiques, dans l’apparition des phénomènes ni même les fréquences exactes en rapport avec l’hybridation des sujets.

Les processus de rétrocroisement sont aussi méconnus ! Bien qu’il soit certain que des individus hybridés sont intégrés dans des groupes sauvages, les données recueillies à partir des locus microsatellites (donc l’ emplacement des séquence d’ADN formées par une répétition continue de motifs composés de 1 à 4 nucléotides) n’ont pas révélé l’introgression des allèles du chien dans les populations de loups européens, à grande échelle. C’est donc un phénomène strictement, peu fréquent. Le tir de destruction du sujet hybridé de chien est donc à limiter fortement, tant que les études permettant la compréhension des phénomènes ne sont pas engagées et validées. Ces études devront également permettre de définir et identifier de façon claire et précise le sujet lui même. Qu’est-ce qu’un hybride et quelles sont les conséquences sur la viabilité des populations de loups ?

 


Troisième postulats : la population d’éléments hybrides dans l’étude ( loup-chien) représenterait 5% des effectifs dont la plupart sont déjà au statut de la rétroaction (retour aux gènes de loups donc)

Le phénomène est donc anecdotique et il est naturellement contenu et « rétro activé » au sein des groupes concernés. La nature n’a pas attendu le scientifique pour réagir !


Quelques chiffres :

L’étude a porté sur,

60584 données SNP.

851 locus du chromosome X

225 loups gris, 60 coyotes et 912 chien domestiques

À partir de l’ensemble des données originales, 252 individus ont été sélectionnés dont:

54 Loups d’Europe,

20 loups italiens,

6 loups ibériques,

17 hybrides de loups-chiens putatifs (donc présumé être hybridés à tort ou à raison)

(9 d’Europe de l’Est et 8 d’Italie),

28 loups asiatiques et

125 chiens, de différentes races (1-2 individus par race), et deux individus répertoriés comme non élevés par l’homme et en liberté. ( à ce titre le phénomène du chien errant (féral) est donc relevé comme tout à fait anecdotique en Europe)

Les liens :

http://www.buvettedesalpages.be/2014/12/convention-de-berne-la-recommandation-hybrides-a-ete-adoptee.html

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/eva.12595

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